テレビシリーズを再編集した劇場アニメ。 主人公・鹿目まどかの通う見滝原中学へ、暁美ほむらが転校してくる。まどかに、保健室へ連れて行って欲しいと頼んだほむらは道すがら、「あなたは自分の人生が尊いと思う？家族や友人を大切にしてる？」と問いかける。大切だと答えるまどかに、「なら、今の自分とは違う自分になんてなろうと思わないことね」と言葉を残し、その場を立ち去る。 放課後、親友の美樹さやかと寄り道していたまどかは、「助けて」と呼ぶ謎の声に導かれて迷い込んだビルの一角にて、ネコともウサギとも似た生物・キュゥべえとそれを殺そうとしているほむらに出くわす。戸惑いつつも、傷付いたキュゥべえを助けるが、直後に魔女の結界に迷い込んでしまい「造園の使い魔」に襲われる。そのピンチを、同じ中学の先輩にもあたる魔法少女の巴マミに助けられ、魔女と魔法少女の戦いの一端を知ることになる。