TVシリーズ『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』で描かれたC.E.（コズミック・イラ）73年、ユニウスセブン落下後の地球が舞台。 C.E.73年、ユニウスセブンの地球降下作戦を仕組んだザフト軍脱走兵達の部隊は、乱戦の中、ザフト軍ミネルバとジュール隊の活躍によって壊滅し、地球に向かっていたユニウスセブンも設置されたメテオブレイカーによって破砕された。しかし、砕かれた破片は地球に向かって次々と落下し、地球に残されたのは落下片による多くの人々の死、そして平和を奪われた者達の止め処なく溢れる憎悪と怒りだけであった。 地球が再び混迷の戦場となった中、D.S.S.D技術開発センターは、1機のMSを宇宙へと打ち上げるプロジェクト「スターゲイザー計画」の準備を行っていた。静かに空を見上げ続ける純白の機体「スターゲイザー」。 宇宙に生まれ、宇宙で育ち、人は宇宙を目指すべきと信じるコーディネイターの女性セレーネ・マクグリフ。そして、幼い頃の出来事によってコーディネイターを激しく憎み続けるストライクノワールのパイロット、スウェン・カル・バヤン。この2人を中心に、スターゲイザー…「星を見つめる者」の物語は動き出す…。