玖楼国の姫・サクラと考古学者の卵・小狼は幼馴染。2人は身分に関係なく、互いに惹かれ合っていた。ある日、サクラに秘められた力を手に入れようとする飛王・リードの陰謀により、サクラの記憶は無数の羽根と化して異世界へ飛び散る。瀕死に陥ったサクラを救い記憶を取り戻すには、飛び散った羽根をサクラの体に戻すしかない。しかし異世界へ移動する力を何度も使えるのは、唯一、異世界にいる次元の魔女と呼ばれる人物のみだった。 玖楼国の神官・雪兎により次元の魔女（『XXXHOLiC』の壱原侑子）の元へ送られた小狼は、知世姫によって日本国から送られた忍者・黒鋼、自ら次元移動魔術を使ってセレス国からやってきた魔術師・ファイ・D・フローライト（通称：ファイ）と出会う。2人もそれぞれの事情により何度も次元を渡る力を必要としていた。次元を渡る力を得る対価は、3人でひとつの手段を共有し一緒に旅すること、それぞれの最も大切なものを渡すことだった。3人は条件をのみ、それぞれ最も大切なものを次元の魔女へ対価として支払う。黒鋼は破魔刀「銀竜」、ファイは魔力を抑える刺青、そして小狼はサクラとの関係性（サクラの記憶の中にある、小狼との記憶）。こうして異世界を渡り歩く能力を持つ生物モコナ＝ソエル＝モドキ（通称：モコナ）を得た一行は、それぞれの願いを叶えるために、異世界を渡る過酷な旅を始めることになる。