2016年。日本の富山県には国連主導の「黒部研究所」が置かれ、過去に発掘された「アーティファクト」と呼ばれる遺物の研究や、人型兵器の「ジオフレーム」の実験が行われていた。ある夏の日、研究所所長の娘である白羽由希奈は、母が忘れた携帯端末を届けようと友人の荻布美夏と二人で研究所を訪れる。だが、突然現れた謎の飛行物体が富山周辺へと落下。落下地点から多数のロボットが出現し、研究所を襲撃する。守備隊が相手を迎撃する中、由希奈が触れたアーティファクトの一つから正体不明の男が飛び出し、彼女を「姫」と呼んで敵に立ち向かうのだった。