小学5年生の四葉こころはちょっと不器用だけど優しい女の子。「モノにはみんな魂がある」というおばあちゃんの教えを守り、物を大切に使うことにしている。ある日、こころが3歳の時から使っている色鉛筆から、色鉛筆の神様「ラキたま」という物の神様「ここたま」が生まれるという不思議な現象が起こった。ここたまは、人に見つかってはいけないという決まりがあるが、ラキたまは生まれて早々こころに姿を見られてしまった。見つかってしまったことをきっかけに2人は「ヒミツのけいやく」を結ぶことになり、様々なここたまと出会い成長していく。